Mientras la mayoría de regiones del Perú tiene un antecedente ancestral, con tribus milenarias, en San Martín las referencias históricas provienen de los primeros años de la conquista. Tal es así que, en 1540, se fundó la ciudad de Santiago de los Ocho Valles de Moyobamba, que al principio funcionó más como cuartel general para organizar expediciones de reconocimiento y misiones evangelizadoras.
De este modo, también comienza la historia de la contabilidad en la zona, cuando los españoles, para llevar las cuentas de sus recursos, recurrieron a esta disciplina del mismo modo en que estaba siendo aplicada en Europa, con las ideas de Luca Pacioli sobre la partida doble.
En lo que hoy conocemos como San Martín no llegó a utilizarse la contabilidad como la conocían los incas, cuya metodología consistía en usar unas soguillas de colores conocidas como khipus, con las que se podía representar cantidades y hacer referencia a posesiones, la tierra o el trabajo, según indicó Viviana Ruth Moscovich en su libro El khipu y la yupana (2016).
Ese sistema, que se basaba en gran medida en la reciprocidad (ayni, minka y mita), nunca llegó a establecerse en San Martín, donde, por el contrario, existieron impuestos como el almojarifazgo, el diezmo y la alcabala, así como las Cajas Reales y funcionarios como el contador, el tesorero y el factor.