Los primeros restos arqueológicos del Callao datan de entre los años 9000 y 8001 a. C., y a ellos se suman las huacas Maranga y Bellavista. Todos juntos son testimonio del pasado previo a la llegada de los incas, quienes son los primeros en traer la contabilidad al lugar.
En ese entonces, esta se practicaba con los khipus, unas soguillas de colores que, al igual que el lenguaje escrito, permitían transmitir información y guardar registro del mismo. Por ende, también sirvió para llevar las cuentas.
Los nudos y los colores de los khipus hacían referencia a cantidades y recursos como la tierra, el trabajo o el ejército. Los encargados de operar estas soguillas eran los quipucmayoc (contadores), mientras que los tucuyricuc (auditores) verificaban que las cuentas estuviesen bien llevadas. Así lo precisó Viviana Ruth Moscovich en su libro El khipu y la yupana (2016).
Los españoles comienzan a tomar posesión de estas tierras tras la captura del Inca Atahualpa en 1532 y, desde entonces, comienzan a crear nuevas urbes. Aunque el Callao no tiene un acta de fundación, se calcula que esta habría tenido lugar dos años después de la de Lima, ocurrida el 18 de enero de 1535.
Según wikipedia, el puerto ya tenía alrededor de 5 mil habitantes en 1639 y recibió una atención especial por parte de los virreyes debido a su importancia en el comercio marítimo. La página Historia Peruana señala que la explotación minera desarrolló la economía interna, dando paso al florecimiento de otras actividades comerciales, como la agricultura y la textilería, de modo que se empezó a exportar a otros territorios coloniales.